โรงเรียนวัดประดู่หอม เดิมเป็นโรงเรียนวัดอยู่หลายปี และได้ล้มเลิกไปเนื่องจากไม่มีครู ทำการสอนขาดการบำรุง ครั้นต่อมา นายชวน จุลมณี ศึกษาธิการอำเภอสทิงพระ ด้วยความเห็นชอบของข้าหลวงประจำจังหวัดสงขลา ได้ตั้งโรงเรียนนี้ขึ้นมาใหม่เมื่อวันที่ 17 มิถุนายน 2484 ทางราชการได้ให้เงิน 800 บาท สำหรับสร้างอาคารเรียนสมทบด้วยเงินของราษฎร โดยท่านพระครูเหลือ ธรรมโกฏิ เจ้าอาวาสวัดประดู่หอม เป็นผู้ดำเนินการก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1ก ของทางราชการ และต่อมา ท่านพระครูเหลือ ธรรมโกฏิ ได้รื้อศาลาหยุดพระที่บ้านโพธิ์ใหม่ หมู่ 2 ตำบลคลองรี มาสร้างเป็นอาคารเรียนต่อเติมขึ้นใหม่ใน พ.ศ. 2496 และในปี พ.ศ. 2520 ทางราชการได้จัดสรรงบประมาณให้สร้างอาคารเรียนแบบ ป.1ข ขึ้นอีกหลังหนึ่ง เป็นเงิน 280,000 บาท ต่อมาในปี พ.ศ.2521 ทางราชการได้จัดสรรงบประมาณดำเนินการก่อสร้างอาคารเรียนอาคารประกอบ และอื่น ๆ จำนวน 3 รายการ คือ อาคารเรียนแบบ สปช.105/26 ขนาด 3 ห้องเรียนงบประมาณ 600,000 บาท อาคารเอนกประสงค์ แบบ 202/2526 ขนาด 10 x 12 เมตร งบประมาณ 200,000 บาท และที่เก็บน้ำฝน แบบ ฝ.33 งบประมาณ 35,000 บาท ต่อมาในปี พ.ศ. 2535 ได้รับงบประมาณสร้างส้วมแบบ สปช.601/2526 ขนาด 4 ที่นั่ง งบประมาณ 90,000 บาท และ ในปี พ.ศ. 2537 ได้รับงบประมาณสร้างส้วม แบบ สปช. 601/2526 ขนาด 2 ที่นั่ง งบประมาณ 45,000 บาท
           
โรงเรียนได้รับการสนับสนุน งบประมาณการจัดการศึกษา แผนการประถมศึกษา กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาศึกษาธิการ ต่อมาได้โอนเป็นการศึกษาประชาบาล ขึ้นกับองค์การบริหารส่วนจังหวัด เมื่อ 1 ตุลาคม 2509 ต่อมาได้มีการโอน ไปขึ้นกับ สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2523 ปัจจุบัน โรงเรียนวัดประดู่หอม (เหลืออุทิศ) สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา สงขลาเขต 1 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (พ.ศ.2553)
          ปัจจุบัน นางสาวอังสนา สีตะพงศ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน